概要

Saving failed. Check the Console window to get more 
insight into what needs to be fixed.

プレハブを編集して保存する時に上記のエラーダイアログが表示されて

You are trying to replace or create a Prefab from the instance 'XXXX' 
that references a missing script. This is not allowed.
Please change the script or remove it from the GameObject.
UnityEditor.EditorApplication:Internal_CallGlobalEventHandler ()

Console ウィンドウにこのようなエラーメッセージが表示される場合は

プレハブに含まれているゲームオブジェクトに
missing になっているスクリプトがアタッチされている可能性があるため

その missing なスクリプトを Remove Component すれば
プレハブを保存できるようになります