概要

using UnityEditor;

public static class Example
{
    [MenuItem( "Tools/Hoge" )]
    private static void Hoge()
    {
        var asset         = Selection.activeObject;
        var path          = AssetDatabase.GetAssetPath( asset );
        var assetImporter = AssetImporter.GetAtPath( path );

        assetImporter.userData = "ピカチュウ";
        
        assetImporter.SaveAndReimport();
    }
}

AssetImporter.userData に文字列を設定することで
.meta ファイルにカスタム情報を保存できます