ソースコード

using System.Linq;
using UnityEditor;
using UnityEngine;

public class Example
{
    [MenuItem( "Tools/Hoge" )]
    private static void Hoge()
    {
        var paths = AssetDatabase
                .FindAssets( $"t:{nameof( ScriptableObject )}" )
                .Select( x => AssetDatabase.GUIDToAssetPath( x ) )
            ;

        AssetDatabase.ForceReserializeAssets( paths );
    }
}

• ScriptableObject に後から PreferBinarySerialization 属性を付与した場合、
  既に作成済みの ScriptableObject はテキスト形式で保存されたままになる
• AssetDatabase.ForceReserializeAssets 関数を使用することで
  バイナリ形式にシリアライズし直すことができる