概要

using UnityEditor;
using UnityEngine;

public class Example
{
    [MenuItem( "Tools/Hoge" )]
    private static void Hoge()
    {
        var go   = GameObject.Find( "Cube" );
        var path = PrefabUtility.GetPrefabAssetPathOfNearestInstanceRoot( go );

        Debug.Log( path );
    }
}

PrefabUtility.GetPrefabAssetPathOfNearestInstanceRoot を使用することで
ゲームオブジェクトがどのプレハブから生成されたインスタンスか確認できます

例えば上記のような状況で前述のエディタ拡張を実行すると
Assets/Cube.prefab という文字列を取得できます