概要

using UnityEditor;
using UnityEditor.U2D;
using UnityEngine.U2D;

public static class Example
{
    [MenuItem( "Tools/Hoge" )]
    private static void Hoge()
    {
        var path    = "【SpriteAtlas のパス】";
        var atlas   = AssetDatabase.LoadAssetAtPath<SpriteAtlas>( path );
        var atlases = new []{ atlas };

        SpriteAtlasUtility.PackAtlases( atlases, BuildTarget.Android );
    }
}

SpriteAtlasUtility.PackAtlases を使用することで
指定した SpriteAtlas をパックできます

参考サイト様