pycocotoolsのsetup.pyがCythonなどをimportしているためエラーになるっぽい。
ホントはやりたくないが、以下のようにyamlに含めず後からpip installでインストールするようにした。
conda env create -f=/root/environment.yaml conda activate myenv pip install 'git+https://github.com/cocodataset/cocoapi.git#subdirectory=PythonAPI'
参考：
