原因はモジュールを探しに行くところの一覧に読み込みたいモジュールがある場所が入ってないため。
/home/ubuntu/root/common/aws.py を読みたい場合、
export PYTHONPATH="${HOME}/root:$PYTHONPATH"
のようにPYTHONPATHにプロジェクトRootを追加するとそこからの相対パスで読み込めるようになる。aws.pyを使う側は from common.aws import download
のように書けば関数を呼び出せる。
参考：
