原因はgitが改行コードを自動変換していること。 bash on Ubuntu on Windowsからpullした場合とコマンドプロンプトからpullした時で改行コードが違うため差分が出ていた。
git config --global core.autocrlf false
を実行して改行コードをLFに統一すると直った。
参考：
Gitでpullしたときに”warning: CRLF will be replaced by LF in 〜”というWarningが大量に出る | WEBサービス創造記
