すごい謎な現象だった。。一部のファイルがデプロイされないことがあり、デプロイされないファイルの共通点が無いので原因がわかりにくかった。 原因は、GoogleDriveアプリが作る「Icon」という名前のファイルがresources/imgフォルダにあったこと。Iconファイルはフォルダアイコンを変更するために使われるらしいので、 多分Dropboxとかフォルダアイコンを変更するアプリはすべて生成する。Iconファイルをコピーしようとすると リソースのコピー処理が終了してしまうらしく、それ以降のファイルがデプロイされない。 Iconファイルを削除すると直った。
参考：
