ビルド時に「Directory not found for option '-F/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.9.sdk/Developer/Library/Frameworks'」

調べてみると、
/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platforms/MacOSX.platform/Developer/SDKs/MacOSX10.9.sdk/
の下にDeveloperフォルダがない。Systemフォルダはある。
cocoapodが作ったPods-.xcconfigを見てみると、下記の行があったので、

FRAMEWORK_SEARCH_PATHS = $(inherited) "$(DEVELOPER_LIBRARY_DIR)/Frameworks" "$(SDKROOT)/Developer/Library/Frameworks"

以下のように直すとビルドエラーも直った。

FRAMEWORK_SEARCH_PATHS = $(inherited) "$(SYSTEM_LIBRARY_DIR)/Frameworks" "$(SDKROOT)/Developer/Library/Frameworks"

原因はわかったけど、cocoapodが作ったファイルを手で直すのはまずいよなぁ。。
正しい解決策を探さないと。