原因は、rbenvでRubyをインストールすると、/Users/username/.rbenv/shims/rubyにインストールされるが、アプリからRubyを実行した時には/Users/username/.rbenv/shimsにパスが通っていないため。
ターミナルはrbenvでインストールした時にパスが通るのでrubyを実行出来る。ので、気付くのが遅れた。
解決策は以下を実行してシンボリックリンクを作ること。
sudo ln -s /Users/username/.rbenv/shims/ruby /usr/bin/ruby
