NeoBundleCleanはdangerousなので削除したとのこと。
How to Uninstall Packages? · Issue #356 · Shougo/neobundle.vim · GitHub
プラグインを読み込まないようにしたい場合は、NeoBundle hoge/fuga.vimの記述を消せば読み込まれないとのこと。
プラグインを削除したい場合は、
call neobundle#begin(expand('~/.vim/bundle/'))
で指定しているディレクトリからpluginのディレクトリを手動で削除する。
