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組 織 図 （主要な物のみ） 【】内は代表
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ゼーレ【キール・ローレンツ】
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└→ 国際連合
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├→ 国際連合最高幹部会
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│ └→ 人類補完委員会【キール・ローレンツ】
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│ └→ ネルフ特殊監査部
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│ └→ 加持リョウジ
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├→ 日本政府【フリーザ】 → ドドリア秘書
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│ └→ 内務省【兵藤和尊】
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│ └→ 戦略自衛隊
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│ ├→ ムスカ大佐
│ ├→ ヘルシングの少佐
│ ├→ 新城直衛大尉
│ └→ N2兵器・BC兵器
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├→ 国連軍
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│ └→ 旧自衛隊 → N2兵器
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└→ 特務機関ネルフ【碇ゲンドウ】 → 冬月コウゾウ
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├→ ネルフ技術開発部技術局１課【赤木リツコ】 ； エヴァ素体の開発・維持・運用
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│ ├→ 伊吹マヤ
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│ └→水銀燈チーム【水銀燈】
│ ├→ 金糸雀
│ ├→ 翠星石
│ ├→ 蒼星石
│ ├→ 真紅
│ ├→ 雛苺
│ └→ 雪華綺晶
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├→ ネルフ技術開発部技術局２課【やらない夫】 ； エヴァ周辺機器・設備の開発・維持・運用
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│ ├→ やる夫 ； 各チームのヘルプ
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│ ├→ ちゅるやさん ； 秘書，お茶汲み，特許管理，他課との折衝，その他手続き
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│ ├→ カミナチーム【カミナ】→シモン ； エヴァ専用兵器全般
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│ ├→ キョンチーム【キョン】→涼宮ハルヒ ； 対使徒防衛システム，都市開発計画
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│ ├→ 泉こなたチーム【泉こなた】 ； エントリープラグ関連機器，インターフェースシステム構築
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│ ├→ 阿部高和チーム【阿倍高和】 ； 発進システム，エヴァ格納庫，アンビリカルケーブル
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│ └→ エドワード・エルリックチーム【エド】 ； エヴァの拘束具・特殊装甲全般及び観測機
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├→ 保安諜報部【利根川幸雄】 ； 情報操作・組織内治安維持活動
│ ├→ 赤木しげる
│ └→ 伊藤カイジ
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├→ 製造部【DIO】 ； エヴァンゲリオンに関する製品の製造・組立
│ ├→ ジョナサン・ジョースター
│ ├→ ジョセフ・ジョースター
│ ├→ 空条承太郎
│ └→ 東方仗助
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├→ 作戦部第１課【葛城ミサト】 ； 使徒殲滅作戦の立案・指揮
│ └→ 日向マコト
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├→ 医療部 ； ネルフ職員の医療・健康管理等
│ └→ キバヤシ先生
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├→ 情報局第2課
│ └→ 青葉シゲル
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└→ 月面基地【夜神 月】 ； 月面資源物資発掘
└→ 竜崎（仮名）
