劇場用アニメ「」のBlu-ray/DVDが12月18日にリリースされる。

限定版には、特典ディスクを同梱。特典の収録時間は約150分で、「ロケハン映像(「甲南病院」編)」、「BGMレコーディング風景(ビクタースタジオ、オーストラリアにて)」、「舞台挨拶1(東京/池袋シネマサンシャイン&新宿バルト9にて)」、「舞台挨拶2(京都/京都シネマにて)」、「ダビング、ビデオ編集作業風景」、「テーマ曲『優しい忘却』PVメイキング映像」。

さらに、ポストカード付解説シートを封入。特製描き下ろしジャケットイラスト使用のスライドトレイ(透明スリーブ付)、劇場用パンフレット縮刷版も付属する。

加えて、BDの限定版にのみに同梱される専用特典の「涼宮ハルヒの消失 脚本集」は、「映画本編では泣く泣くカットされたシーンも収録された、“消失”のすべてを読み解くファン必携のアイテム」とのこと。

また、「」も用意されている。